Un second kira, dont les méthodes sont celles de Light, a fait son apparition. Au quartier général d'enquête, L. contacte Light pour lui demander sa collaboration.
Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.
L'histoire de deux sorcières prétendantes au poste de reine du Royaume magique. Mais avant cela, elles doivent faire un séjour chez les humains afin de s'emparer du coeur d'un maximum de garçons.
A Konoha, Boruto, le fils de Naruto, prépare l'examen qui lui permettra de passer ninja de moyenne classe. Il demande à Sasuke, le compagnon d'armes de son père, de l'accepter pour disciple.
Mochi et Al soutiennent Yûka en ce début d'année troublé par l'adaptation de la collégienne à un nouvel établissement scolaire, les examens d'entrée au lycée et la fête de la Saint-Valentin.