Lors d'une soirée costumée sur un vaisseau fantôme à laquelle Kogoro et Sonoko sont invités, le capitaine, hôte de la soirée, est tué sous leurs yeux et à la surprise générale, Shinichi Kudo apparaît.
Les classes de seconde A et B sont cernées par l'escadron Genesis et les professeurs ne sont pas assez nombreux. Eraser Head décide alors d'autoriser les élèves à se battre.