Rino Hayashibara, une nouvelle élève de 6e ayant adopté le style gothic lolita est surprise et jalouse de découvrir l'existence d'Akana, qu'elle considère comme une sorcière des ténèbres.
Enfant, Kafka Hibino rêvait d'intégrer les Forces de Défense pour combattre les kaiju, d'effroyables monstres géants qui surgissent de nulle part pour attaquer la population.
Tandis que la dernière épreuve de l'examen pour intégrer les forces de défense arrive à son terme, un mystérieux kaiju humanoïde ressuscite le principal monstre que Kikoru venait d'éliminer.