Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.
Un second kira, dont les méthodes sont celles de Light, a fait son apparition. Au quartier général d'enquête, L. contacte Light pour lui demander sa collaboration.
Hana Bradley, la dernière recrue de la maternelle Black, est la fille d'un célèbre clan d'assassins. Elle sollicite l'aide de ses collègues pour sauver la vie de son frère.
Suite des aventures de Takada, nouvellement arrivé dans l'école où Nishimura, une fille étrange surnommée la sorcière des ténèbres, que tous les élèves craignent et évitent, devient son amie.