Violet, le prince de la vitesse, conduit le Pokémon légendaire Miraidon à travers la région de Paldea à la recherche des épices secrètes, afin de récupérer les pouvoirs de celui-ci.
Yoh poursuit sa formation de shaman aux côtés d'Amidamaru, le samouraï centenaire. Une énorme comète vient de faire son apparition, annonçant l'avènement des Shaman Fight.
Léa aimait beaucoup Aiba, son camarade de classe, mais, depuis leur entrée en CM1, il a changé. Ce garçon calme est devenu totalement surexcité. Léa découvre qu'il s'agit en réalité d'un robot.