Parcourez l'univers en créant des colonies sur des planètes inhabitées dans le seul but de mettre des mondes en mouvement grâce à la puissance de l'automatisation.
La princesse Peach s'est de nouveau faite kidnappée dans le jeu de rôle Paper Mario : La Porte Millénaire sur Gamecube. Mario part donc à sa rescousse pour la libérer.