L'équipe IMF (Impossible Mission Force) est dissoute et Ethan Hunt se retrouve désormais isolé, alors que le groupe doit affronter un réseau d'agents spéciaux particulièrement entraînés, le Syndicat.
Pour lutter contre la surpopulation, des scientifiques mettent au point un processus permettant de réduire les humains à une taille d'environ douze centimètres : le downsizing.