Cette aventure magique raconte le récit frissonnant de Lewis Barnavelt, 10 ans, lorsqu'il part vivre chez son oncle dans une vieille demeure dont les murs résonnent d'un mystérieux tic-tac.
Comme tous les jours après son travail, Michael MacCauley prend le train de banlieue qui le ramène chez lui. Mais aujourd'hui, son trajet quotidien va prendre une toute autre tournure.
La saison traite d'un incident qui s'est déroulé en 1979 à Sioux Falls, dans le Dakota du Sud, et qui a été plusieurs fois mentionné durant la première saison.