La guerre n'est plus qu'un souvenir et la paix s'est installée durablement. Mais un ennemi qui ressemble étrangement à Kaguya apparaît et s'attaque à Killer Bee.
Boruto, considéré comme un traître ayant assassiné Naruto, est recherché depuis trois ans. Il refait son apparition lorsque Code et les sbires de crasses attaquent le village caché de Konoha.