XVI siècle. Tepulpaï, un petit Indien de la Cordillère des Andes et sa meilleure amie Naïra, vivent heureux dans leur village au coeur des montagnes péruviennes.
Tonnerre, un jeune chat, a été abandonné par sa famille. Seul et perdu, il trouve refuge dans un mystérieux manoir appartenant à Lorenz, un magicien retraité.
Dans la suite tant attendue du film familial au succès mondial, on retrouve un Paddington heureux, bien installé dans sa nouvelle famille à Londres, où il est devenu un membre populaire de la communau
A l'heure du départ pour la grande migration, Darius, le doyen de la volée est blessé et va devoir confier tous ses secrets et le nouvel itinéraire du voyage au premier oiseau venu. Et cet oiseau...
Ernest et Célestine retournent au pays d'Ernest, la Charabie, pour faire réparer son précieux violon cassé. Ils découvrent alors que la musique est bannie dans tout le pays depuis plusieurs années.