Dans la suite tant attendue du film familial au succès mondial, on retrouve un Paddington heureux, bien installé dans sa nouvelle famille à Londres, où il est devenu un membre populaire de la communau
Un jeune ours péruvien fraîchement débarqué à Londres, part à la recherche d'un foyer et d'une vie meilleure. Il réalise vite que la ville de ses rêves n'est pas aussi accueillante qu'il croyait.
Tonnerre, un jeune chat, a été abandonné par sa famille. Seul et perdu, il trouve refuge dans un mystérieux manoir appartenant à Lorenz, un magicien retraité.
A l'heure du départ pour la grande migration, Darius, le doyen de la volée est blessé et va devoir confier tous ses secrets et le nouvel itinéraire du voyage au premier oiseau venu. Et cet oiseau...