Tandis que la guerre fait rage entre l'armée d'Arbaless et la guilde de Fairy Tail, Brandish propose d'être la messagère des mages afin de négocier pour eux le retrait des troupes ennemies.
L'île de Fairy Tail devient le théâtre de combats opposant les membres de Fairy Tail à ceux des Grimoire Heart. Maitre Makarof tente de s'y opposer mais il est terrassé par Hades.
Sur l'île de Tenrô, les combats entre les membres de Fairy Tail et ceux de Grimoire Heart font rage. Natsu et ses compagnons doivent faire face aux sept Frères du Purgatoire.
La Fairy Tail doit affronter la guilde clandestine d'Eizen Wald. Celle-ci s'est emparée de la terrible Lullaby, une flûte maléfique dont le son tue tous ceux qui l'entendent.
Après avoir sauvé un érudit de la cour, Shiki et Irie doivent affronter un Plesioth pour pouvoir traverser la mer. Ils sont aidés par un mystérieux personnage.