Six mois se sont écoulés depuis la catastrophe, impliquant Kyogre et Groudon. Rouge et Bleu embarquent pour les Îles de Sevii sur les traces du Professeur Chen.
Suivez la grande aventure de Diamant et Perle, deux Dresseurs qui se sont promis de réaliser leurs rêves ! La Team Galaxie est sur le point de mettre son terrible plan à exécution.
Epée se retrouve à Couronneige après un entraînement intensif sur Isolarmure. Il y rencontre le Pokémon surnommé le Seigneur des récoltes, qui pourrait être la clé pour obtenir l'Epée rouillée.