Violet, le prince de la vitesse, conduit le Pokémon légendaire Miraidon à travers la région de Paldea à la recherche des épices secrètes, afin de récupérer les pouvoirs de celui-ci.
Violet affronte Craparoi et les Pokémon dominants. De son côté, Ecarlate part à la recherche d'informations sur le Trésor du fléau dans les arènes de Paldea.
Six mois se sont écoulés depuis la catastrophe, impliquant Kyogre et Groudon. Rouge et Bleu embarquent pour les Îles de Sevii sur les traces du Professeur Chen.