Ben et Maïna vivent avec leur père tout en haut d'un phare sur une petite île. Pour les protéger des dangers de la mer, leur grand-mère les emmène vivre à la ville.
Alors qu'ils traversent une forêt, Sacha et Pikachu découvrent un jeune garçon inconscient, Sammy, et le légendaire Pokémon Célébi, blessé. Les deux compagnons viennent du passé.
Coincé sur une île exotique miniature avec des amis tout aussi excentriques que lui, le perroquet Mardi n'a qu'un seul rêve : partir à la découverte du monde.