Mitsuha a grandi dans une famille japonaise traditionnelle. Elle s'ennuie dans sa vie à la montagne et rêve de connaître le rythme trépidant d'une grande ville. Taki, lui, vit à Tokyo.
Chôko Hanamura obtient un rendez-vous avec Tsukiyono, le garçon le plus populaire du lycée. Malheureusement, son corps est interverti avec celui de Hayate, son frère jumeau qui la surprotège.
De jour, le quartier de Gokurakugai semble coloré, animé et accueillant. Mais la nuit, les populations aux activités obscures qui s'y croisent en ont fait une zone de non-droit.
Alma croise un mystérieux jeune homme devant le sanctuaire où il enquête avec Tao au sujet de pendaisons en série. Ce garçon peureux semble inoffensif mais un sombre personnage rôde autour de lui.