De jour, le quartier de Gokurakugai semble coloré, animé et accueillant. Mais la nuit, les populations aux activités obscures qui s'y croisent en ont fait une zone de non-droit.
Enfant, Kafka Hibino rêvait d'intégrer les Forces de Défense pour combattre les kaiju, d'effroyables monstres géants qui surgissent de nulle part pour attaquer la population.
Pieta est une jeune fille qui vit dans un monde arrosé perpétuellement par une pluie noire. Sa routine quotidienne consiste à se rendre à l'école et à discuter avec son amie Danae.