Toutes les adorables créatures de Madagascar sont de retour : le lion Alex, le zèbre Marty, la girafe Melman, l'hippopotame Gloria, le Roi Julien, Maurice et les pingouins...
Devenus de jeunes mariés, Shrek et Fiona rentrent de leur heureuse lune de miel. Ils sont invités par les parents de Fiona à venir dîner dans leur royaume, à Far Far Away.
Shrek doit absolument trouver un héritier pour le trône de Fort Fort Lointain s'il ne veut pas finir avec la couronne... Le héros s'embourgeoise mais restent quelques moments de pure drôlerie...