Tsubasa, malgré son jeune âge, est un as du ballon rond. Son rêve : offrir la Coupe du monde au Japon. Il va suivre un entraînement très rigoureux avec son mentor, Roberto.
Des milliers d'années après que l'humanité toute entière a été changée en pierres, Taiji, un jeune lycéen tokyoïte, se réveille et décide de rebâtir la civilisation à partir de rien avec son ami Senku