Elliot et Ulysse sont les fils de Jean-Louis Etienne. Alors que le premier est épris de sciences et de savoirs, le second est totalement féru d'aventures.
A la rentrée, madame Pivoine, nouvelle venue à l'Ecole des animaux, veut présenter à ses élèves de nouveaux pensionnaires : des gerbilles, des tortues et un serpent. Mais Pitou le serpent a disparu.
Afin de punir Joséphine Barclay d'avoir voulu faire passer le chemin de fer sur leurs terres, les Apaches de Salvaje ont kidnappé et torturé son fils Caleb afin d'en faire l'un de leurs meilleurs guer