Satie, Tweanie et Hitoshi visionnent les précédents programmes Ai sur lesquels Hitoshi s'est fait la main lorsqu'un incident se produit : chaque programme AI se matérialise et s'enfuit.
Tweanie se fait attraper par un hacker qui n'est autre que Billy G., l'auteur du virus Peter 4. Satie utilise toutes les ressources dont elle dispose pour en venir à bout.
Shiki, jeune chasseur de monstres qui a été l'apprenti de Gurelli, revient à Akamâya, là où vécut son maître. Il y rencontre Eilee, qui se révèle être la fille de Gurelli.
Après avoir sauvé un érudit de la cour, Shiki et Irie doivent affronter un Plesioth pour pouvoir traverser la mer. Ils sont aidés par un mystérieux personnage.