Alors que Meison Yamato, le grand seigneur du Gekoku, s'était enfin fait à l'idée que Stitch était tout sauf un démon, il se retrouve nez à nez avec deux nouvelles créatures et leur étrange aspirateur
Peter a perdu sa famille et Pax, son ami renard. Après la guerre, il retourne s'installer dans sa maison d'enfance, bien décidé à vivre seul et sans attache. Mais son vieil ami Pax a besoin de lui.
Japon, 1993. Médecin renommée de l'hôpital de Kyoto, Yuna voit arriver dans son bureau Ama, sa soeur dont elle est sans nouvelles depuis trente ans, qui a besoin d'une greffe d'urgence.