Minneapolis. Luke Evans, jeune surdoué de 12 ans, est enlevé et ses parents sont tués. Il se retrouve à l'Institut comme d'autres enfants doués de pouvoirs psychiques.
Les Schtroumpfs démarrent une nouvelle année par la traditionnelle fête de l'Arbre d'Or. Mais le précieux totem est détruit par la foudre, provoquant sur le village une vague de superstitions.
Pensant trouver refuge au royaume de Pluie, les cinq dragonnets du destin se retrouvent face à une créature dangereuse qui perturbe la tranquillité du royaume.