Shiki, jeune chasseur de monstres qui a été l'apprenti de Gurelli, revient à Akamâya, là où vécut son maître. Il y rencontre Eilee, qui se révèle être la fille de Gurelli.
Après avoir sauvé un érudit de la cour, Shiki et Irie doivent affronter un Plesioth pour pouvoir traverser la mer. Ils sont aidés par un mystérieux personnage.
En affrontant la guilde des Alchimistes, les mages de Fairy Tail rencontrent Athena, l'arme anti-dragons qu'ils recherchent. Mais elle est détruite par son mentor Duke, dirigé par Bielness Kinjin.