Les mages de la guilde Fairy Tail sont désormais engagés dans la Quête de cent ans, qui consiste à neutraliser les cinq Dieux-Dragons de Guiltina, le continent inconnu.
Shiki, jeune chasseur de monstres qui a été l'apprenti de Gurelli, revient à Akamâya, là où vécut son maître. Il y rencontre Eilee, qui se révèle être la fille de Gurelli.