Dans le village caché de Konoha, Naruto, Sasuke et Sakura passent la deuxième épreuve de sélection des ninjas de moyenne classe dans la forêt de la mort.
Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.