Adaptée des romans éponymes de Philip Pullman, la série se situe dans un monde dominé par le Magisterium, un organisme gouvernemental régi par l'Eglise.
20 ans après la destruction de la civilisation moderne, Joel, un survivant endurci, est engagé pour faire sortir Ellie, une jeune fille de 14 ans, d'une zone de quarantaine oppressante.