Après une nouvelle tentative de parricide, Apollon est jugé par le tribunal des Dieux. Zeus fait venir Homère sur le Mont Olympe pour qu'il témoigne des faits dont son fils s'est rendu coupable.
La Pythie est une vierge messagère des dieux, dévouée au culte d'Apollon. Elle vit recluse dans son temple, préservant le don qui a fait d'elle l'une des femmes les plus puissantes de Grèce.
Un soir, Airi Nishina, une lycéenne de deuxième année, se fait enlever par des inconnus. Elle se réveille enfermée dans une étrange pièce souterraine avec d'autres élèves.
Après une déclaration d'amour ratée, Ayumu préfère rester ami avec Luna. Mais c'est au tour de Luna de se rendre compte de ses sentiments envers lui. A la rentrée, leur histoire semble évoluer.