Mitsuha a grandi dans une famille japonaise traditionnelle. Elle s'ennuie dans sa vie à la montagne et rêve de connaître le rythme trépidant d'une grande ville. Taki, lui, vit à Tokyo.
Les amis arrivent au pays de Clow avec l'intention de sauver Sakura. Ils échappent à un piège de Fei-Wan et se dirigent vers les ruines où Sakura a été privée de son âme.