Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.
L'histoire de deux sorcières prétendantes au poste de reine du Royaume magique. Mais avant cela, elles doivent faire un séjour chez les humains afin de s'emparer du coeur d'un maximum de garçons.
Des histoires de dieux et de héros grecs que la colère a rendu méchants : Méduse et ses cheveux en forme de serpents, l'effrayant dieu des mers Poséidon, Hadès, le dieu des enfers et son chien Cerbère
Mycène et Roch explorent la Cité ancienne. En franchissant la muraille, ils découvrent des cercueils ainsi que des golems et font face à d'étonnantes révélations sur le mal qui ronge la région.