Cette nouvelle aventure démarre lorsqu'une cyber-attaque révèle l'identité de tous les agents britanniques sous couverture. Johnny English devient alors le dernier espoir des services secrets.
Informés d'un odieux complot contre les Joyaux de la Couronne, les services secrets mettent sur le coup la crème de la crème des espions de Sa Majesté - leur agent ne1.