2241, Japon. Devenue inhabitable, la Terre n'abrite que des robots samouraïs, appelés Yojimbot. Un jour, l'un d'entre eux rencontre Hiro, un jeune garçon qui fuit une troupe armée avec son père.
Le fantôme de Qin Shi Huang, premier empereur de Chine, s'est réveillé après le vol de la tête d'un soldat de l'armée de terre cuite qui protège sa tombe.
Agathe, fillette de huit ans atteinte de diabète, se croit monstrueuse. Elle se réfugie dans un monde fantastique pour y trouver un ami et la force de vivre avec sa maladie.