Léna n'autorise les enfants à sortir de l'internat que lorsque la nuit est tombée. Mais, fatigués de se cacher, Ulysse et ses compagnons partent pour une dernière enquête.
Mitsuha a grandi dans une famille japonaise traditionnelle. Elle s'ennuie dans sa vie à la montagne et rêve de connaître le rythme trépidant d'une grande ville. Taki, lui, vit à Tokyo.
Après la mort de leur ami Jonas, Ulysse et ses amis découvrent les ténèbres qui entourent leur collège. Avec l'aide de leur surveillante Léna, ils parviennent à tuer la sorcière des bois.