Mitsuharu, lycéen timide et solitaire, rencontre Toki, un extraterrestre en visite sur Terre afin de déterminer son sexe. Ce dernier propose au jeune garçon de décider pour lui.
Depuis que Toki est apparu dans sa vie, Mitsuharu voit son monde bouleversé. Il y a d'abord Adachi, qui lui est très attachée, et aussi le professeur Hagi, qui connaît la vérité sur Toki.
Léna n'autorise les enfants à sortir de l'internat que lorsque la nuit est tombée. Mais, fatigués de se cacher, Ulysse et ses compagnons partent pour une dernière enquête.
Les six scientifiques et Clarke approchent de Jupiter mais le vaisseau spatial ne peut se poser puisque le sol de la planète est essentiellement composé de gaz.