Dans un univers où l'homme a envahi l'espace, des excavateurs découvrent sur la Lune un étrange sarcophage. Peu de temps après, tous les hommes de la base lunaire s'entretuent.
Les Mythics ont réussi à libérer Gaïa. Mais, sans le savoir, ils ont aussi rendu sa liberté au Chaos. Le Mal tente d'en prendre le contrôle et un combat s'engage au pied de la tour Eiffel.
Atma a le pouvoir de communiquer avec les esprits. Il est d'ailleurs toujours accompagné de l'esprit de ses grands-parents. Or, un matin les âmes de Myma et de Pépéalf brillent faiblement.
Accompagné de Taran, son grand rival, Sacha est transporté au temps des Mayas. Malgré leurs différends, ils doivent faire équipe pour retrouver le père de Sacha qui a mystérieusement disparu.