Alors que les Maîtres architectes reconstruisent le Collège invisible, Guillaume, Capucine, Thomas et Dragounet se retrouvent transportés dans une dimension étrange et hostile.
Le fantôme de Qin Shi Huang, premier empereur de Chine, s'est réveillé après le vol de la tête d'un soldat de l'armée de terre cuite qui protège sa tombe.
Alors qu'elle rentre d'un concert à Tokyo, Yuko est surprise par une succession d'éclairs étonnants. Pour Raïjin, il s'agit d'une manifestation de magie noire.
Au XXIIe siècle, les jumeaux Vee et Aidan vivent seuls à bord de leur vaisseau spatial. Ils portent secours à une colonie de drones, bannis de la Terre car considérés comme une caste inférieure.
Emma Matthews et James Sinclair semblent mener une existence presque normale sur le Camp Sept. Mais la Nasa découvre que des astéroïdes filent droit sur la Terre.
Une nouvelle ère glaciaire a débuté, précipitant l'humanité au bord de l'extinction. Alors que les glaciers n'ont de cesse de s'étendre, les survivants fuient vers les dernières zones habitables.
Yoh poursuit sa formation de shaman aux côtés d'Amidamaru, le samouraï centenaire. Une énorme comète vient de faire son apparition, annonçant l'avènement des Shaman Fight.