Dans un futur lointain, les humains arpentent des paysages stériles à bord de vaisseaux-villages motorisés, appelés des monades, suite à la disparition des insectes pollinisateurs.
Mitsuha a grandi dans une famille japonaise traditionnelle. Elle s'ennuie dans sa vie à la montagne et rêve de connaître le rythme trépidant d'une grande ville. Taki, lui, vit à Tokyo.