2241, Japon. Devenue inhabitable, la Terre n'abrite que des robots samouraïs, appelés Yojimbot. Un jour, l'un d'entre eux rencontre Hiro, un jeune garçon qui fuit une troupe armée avec son père.
En route pour la station orbitale qui gravite autour de la Terre, le robot A-Lan a pour but de se rendre dans la mer de Débris afin de se procurer une batterie compatible avec le vieil ordinateur de N
Une nouvelle ère glaciaire a débuté, précipitant l'humanité au bord de l'extinction. Alors que les glaciers n'ont de cesse de s'étendre, les survivants fuient vers les dernières zones habitables.