Yoh poursuit sa formation de shaman aux côtés d'Amidamaru, le samouraï centenaire. Une énorme comète vient de faire son apparition, annonçant l'avènement des Shaman Fight.
Sur la planète Aegis, la Confédération des Etats du Nord exploite les ressources naturelles des régions sous-développées du Sud grâce à sa supériorité technologique et militaire.
2241, Japon. Devenue inhabitable, la Terre n'abrite que des robots samouraïs, appelés Yojimbot. Un jour, l'un d'entre eux rencontre Hiro, un jeune garçon qui fuit une troupe armée avec son père.
Alors que les Maîtres architectes reconstruisent le Collège invisible, Guillaume, Capucine, Thomas et Dragounet se retrouvent transportés dans une dimension étrange et hostile.