Une nouvelle ère glaciaire a débuté, précipitant l'humanité au bord de l'extinction. Alors que les glaciers n'ont de cesse de s'étendre, les survivants fuient vers les dernières zones habitables.
Yoh poursuit sa formation de shaman aux côtés d'Amidamaru, le samouraï centenaire. Une énorme comète vient de faire son apparition, annonçant l'avènement des Shaman Fight.
2241, Japon. Devenue inhabitable, la Terre n'abrite que des robots samouraïs, appelés Yojimbot. Un jour, l'un d'entre eux rencontre Hiro, un jeune garçon qui fuit une troupe armée avec son père.
Alors que les Maîtres architectes reconstruisent le Collège invisible, Guillaume, Capucine, Thomas et Dragounet se retrouvent transportés dans une dimension étrange et hostile.