Une extraterrestre était nichée dans la météorite qui vient d'atterrir près du domicile de quatre amis, Emma, Hugo, Nathan et Océane. Elle demande protection au groupe de curieux qui l'a surprise.
Le mal a été vaincu et la planète reste sous la protection des Mythics. Mais quand d'énormes monstres font leur apparition et causent d'immenses dégâts, les jeunes héros reprennent du service.
Yoh poursuit sa formation de shaman aux côtés d'Amidamaru, le samouraï centenaire. Une énorme comète vient de faire son apparition, annonçant l'avènement des Shaman Fight.