Un individu masqué de papier journal poste sur le Web des vidéos où il prédit des incendies, des agressions, des viols. Systématiquement, ses prédictions se réalisent le jour suivant.
Kurumi est une jeune fille qui a grandi dans l'Enclos, un centre de recherche élevant des petites filles. Elle s'endort la veille de son dixième anniversaire, mais se réveille quatorze ans plus tard.
Le détective lycéen Shinichi Kudo est contraint de prendre un pseudonyme, Conan Edogawa (combinaison de Conan Doyle et Edogawa Rampo, créateur du roman policier japonais), pour pousuivre son enquête s
Un soir, Airi Nishina, une lycéenne de deuxième année, se fait enlever par des inconnus. Elle se réveille enfermée dans une étrange pièce souterraine avec d'autres élèves.