Désormais apprentis de la gardienne Runa Rasgar, Barclay, Viola et Tadg tentent de sauver le royaume des mers, menacé par une mystérieuse écume carnivore et Lochmordra, un kraken géant.
Enfant, Kafka Hibino rêvait d'intégrer les Forces de Défense pour combattre les kaiju, d'effroyables monstres géants qui surgissent de nulle part pour attaquer la population.
Tandis que la dernière épreuve de l'examen pour intégrer les forces de défense arrive à son terme, un mystérieux kaiju humanoïde ressuscite le principal monstre que Kikoru venait d'éliminer.
Les membres des Forces de Défense repoussent un raid aérien sur la base de Tachikawa. Le vice-commandant Hoshina libère sa puissance maximale pour affronter le méga-kaiju qui dirige l'attaque.
Kafka a été démasqué et capturé par les Forces de Défense, qui le considèrent comme une menace. Il se retrouve face au directeur Isao Shinomiya venu en personne procéder à son exécution.