Mash et ses camarades célèbrent leur victoire face à Magia Lupus lorsqu'un sbire de la mystérieuse organisation Innocent Zero fait irruption à leur fête.
Mash profite des vacances pour se rendre chez son père avec ses amis. Au même moment, un assassin se lance à ses trousses pour l'empêcher de participer aux épreuves de sélection.
Les membres des Forces de Défense repoussent un raid aérien sur la base de Tachikawa. Le vice-commandant Hoshina libère sa puissance maximale pour affronter le méga-kaiju qui dirige l'attaque.
Kafka a été démasqué et capturé par les Forces de Défense, qui le considèrent comme une menace. Il se retrouve face au directeur Isao Shinomiya venu en personne procéder à son exécution.
Une nouvelle fois confronté à une attaque du Kaiju nº9, Kafka ne parvient pas à se transformer. Tandis que Kikoru le rejoint, il réalise qu'une peur inconsciente le retient.
Enfant, Kafka Hibino rêvait d'intégrer les Forces de Défense pour combattre les kaiju, d'effroyables monstres géants qui surgissent de nulle part pour attaquer la population.