Pendant l'été 1967 dans la ville de Tottori, Ken-ichi, 11 ans, et sa petite soeur, orphelins de père, sont gardés par leurs grands-parents pendant l'hospitalisation de leur mère, gravement malade.
A la rentrée, madame Pivoine, nouvelle venue à l'Ecole des animaux, veut présenter à ses élèves de nouveaux pensionnaires : des gerbilles, des tortues et un serpent. Mais Pitou le serpent a disparu.