La guerre n'est plus qu'un souvenir et la paix s'est installée durablement. Mais un ennemi qui ressemble étrangement à Kaguya apparaît et s'attaque à Killer Bee.
Boruto, considéré comme un traître ayant assassiné Naruto, est recherché depuis trois ans. Il refait son apparition lorsque Code et les sbires de crasses attaquent le village caché de Konoha.
Devenu officiellement numéro un, Endeavor ne l'est toujours pas auprès de la population. Conscient du problème, Hawks lui propose d'enquêter ensemble sur de possibles apparitions de Brainless.