Nathan, un écolier ordinaire, trouve un Yo-kai au cours d'une promenade dans la forêt. Ce dernier lui offre une montre magique qui révèle la présence de tous les Yo-kai aux alentours.
Monk et Archibald s'endorment au cours d'une partie de pêche et leur barque dérive en pleine mer. Recueillis par un navire de guerre, ils sont attaqués par des monstres-pirates et faits prisonniers.