Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.
En rencontrant le seigneur Motonaga Miyoshi, qui partage les mêmes aspirations que lui, Kuhé prend conscience de ses propres faiblesses, son manque de force et d'expérience.
La suite des aventures de Kuhé, un orphelin de 14 ans en charge de son frère cadet Jinsuke dans le Japon de l'époque Sengoku. Dans un monde en guerre, il poursuit le rêve de créer un havre de paix.