Nathan, un écolier ordinaire, trouve Whisper, un yo-kai, au cours d'une promenade dans la forêt. Ce dernier lui offre une montre magique qui révèle la présence de tous les yo-kai aux alentours.
Bien calé dans son scaphandrier, Jim Curious plonge explorer les fonds marins. Dès son passage sous l'eau, l'image s'enrichit du relief grâce aux images en 3D.