Roku et Kyu, originaires de deux royaumes différents, se sont disputés au zoo d'Ernald et ont commis des dégâts. Pour obtenir réparation, Frigiel et Abel les ramènent chez eux.
Les mages de la guilde Fairy Tail sont désormais engagés dans la Quête de cent ans, qui consiste à neutraliser les cinq Dieux-Dragons de Guiltina, le continent inconnu.
Tandis que les membres de Fairy Tail tentent de reformer la guilde, Natsu parvient à résoudre les deux grandes énigmes concernant la dissolution du groupe et les raisons de l'absence de Makarof.
Alors qu'une organisation terroriste, la Boum, menace de faire exploser un monument parisien, l'agent secret Christopher Mix est frappé d'amnésie à la suite d'une chute.