Les Oracion Seis ont enlevé Wendy, qui est détentrice d'un grand pouvoir de guérison. Brain et les siens veulent ressusciter un homme capable de retrouver le Nirvana.
Erza et Gérald se battent contre Midnight, le plus puissant des Oracion Seis. Pendant ce temps Lucy, Grey, Natsu et Jera tentent de stopper le nirvana qui s'approche de la guilde des Cait Shelter.
Lucy affronte la terrible Angel, et Brain prend le contrôle du nirvana. Natsu et ses compagnons semblent être le dernier espoir pour empêcher le monde de sombrer dans les ténèbres...
Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.